Die den einzelnen Protonenzentren zugrunde liegende Firmenstruktur besteht in einer eigenfinanzierten Betriebsgesellschaft (PROHEALTH AG) sowie ortsansässigen Objektgesellschaften (E.6 GmbH, E.6 Köln GmbH, etc.), die auf diese Objekte spezialisiert sind. Die Betriebsgesellschaft beteiligt sich mit einer Sperrminorität an der Objektgesellschaft. Die Finanzierung der Objektgesellschaft erfolgt privat mit Eigenkapital sowie Fremdkapital in Form von Bankkrediten.

Durch Ankoppelung weiterer Objektgesellschaften für Center an anderen Standorten wird diese Struktur dupliziert. Die Betriebsgesellschaft besorgt nach dem Vorbild des RPTC die Finanzierung, die Erstellung und den Betrieb der weiteren Center. Sie bedient sich dabei des Personals der jeweils kooperierenden Klinik am Standort. Die kooperierende Klinik tritt als Trägerklinik gegenüber den Sozialversicherungen auf.

Abbildung 1 zeigt eine Übersicht der genannten Gesellschaften sowie der beteiligten Firmen und Banken am Beispiel des RPTC in München.